台風6号の接近に伴い、JR東日本は3日、湘南新宿ラインの大宮―小田原間と池袋―逗子間、東海道線の小田原―熱海間を始発から運休している。総武線の佐倉―銚子間は終日運休し、青梅線の青梅―奥多摩間は始発から午後8時ごろまで、中央線は高尾―富士見間で始発から午後3時ごろまで運転を見合わせる。
管内を走る特急列車では、伊豆方面の「踊り子」や「サフィール踊り子」、房総方面の「わかしお」「さざなみ」などが全区間で始発から運休。中央線の特急「あずさ」「かいじ」なども、中央線の運転取りやめに伴い一部運休する。成田エクスプレスも始発から夕方までを中心に一部運休となる。
JR東海によると、東海道新幹線は始発から運行しているが、午前中を中心に長時間の運転見合わせや緊急の運休が生じる可能性がある。
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空の便については、全日空（ANA）が羽田などを発着する国内線計232便、国際線計55便を欠航。日本航空（JAL）は国内線292便、国際線37便を欠航する。
